Các cao nhân của gia đình nhà Kế cho em xin tư vấn với ạ. Em mới nhận làm kế toá…

Các cao nhân của gia đình nhà Kế cho em xin tư vấn với ạ.
Em mới nhận làm kế toán thuế cho công ty hoạt động trong lĩnh vực khám chữa bệnh, có địa điểm kinh doanh là phòng khám và nhà thuốc. Đầu vào nhập thuốc có thuế VAT 5% hoặc 10% tùy loại. Khám chữa bệnh xuất hóa đơn thuế VAT =0, hóa đơn ghi là phí khám chữa bệnh, trong đó có công khám và thuốc chữa. Bán thuốc ngoài đơn khám (rất ít) thì xuất hóa đơn có VAT 5% hoặc 10%.
Từ trước tới giờ kế toán cũ làm tờ khai và hạch toán không phân bổ thuế GTGT được khấu trừ vào chi phí cho những hóa đơn khám chữa bệnh thuế VAT =0.
Giờ em phải làm gì để phân bổ số thuế VAT còn được khấu trừ đó vào chi phí ạ?
Các anh chị có kinh nghiệm tư vấn giùm em với!!!
Em xin cảm ơn ạ!